雖然《精靈寶可夢》推出至現在已發展至任天堂 3DS 平台上，但部分玩家仍然在把玩早期的版本，摸索各種可能性，先前便有人便挖掘出了作弊手段，與玩家對打時便會強制刪除對手的存檔紀錄。而近期又出現了更為驚人的發現，有位玩家甚至打造出了《精靈寶可夢》病毒。
該項《精靈寶可夢》病毒所影響的版本為紅寶石和藍寶石，能力是會在玩家透過遊戲連接線對戰或交換寶可夢時複製自身的遊戲存檔，直接取代對手的存檔資料，而最為特別的地方，就在於被感染的玩家也可透過一樣的管道來擴散病毒，感染其他玩家。
 左為感染病毒的版本，右為正常版本
透過交易擴散病毒後，正常版本也產生異變，遊戲的存檔也被感染者覆蓋
發明該項病毒的玩家為 MrCheeze，簡單來說，他透過修改的方式讓病毒版本的遊戲資料呈現不完整的狀態，並埋藏些機制迫使對手在讀取病毒方的資料時轉變成複製病毒方的資料，藉此達到用自身存檔來覆蓋對方存檔的目的。 但 MrCheeze 表示該病毒並不全然是惡性的，病毒本身內建調整隊伍和寶可夢數據的功用，被感染的玩家可修改數據調整出想要的寶可夢，並將他們存放至寶可夢銀行後，再透過跨世代傳輸的方式將寶可夢引渡到《精靈寶可夢 太陽／月亮》。
玩家可透過病毒修改寶可夢資料，再透過跨世代傳輸將寶可夢引渡到《精靈寶可夢 太陽／月亮》
不過 MrCheeze 表示這項病毒實驗的目的並不是修改寶可夢，而是想嘗試在舊版本的遊戲中嘗試各種可能性，釋出病毒的目的也是希望能看看其他同好在這項實驗中，還能發現什麼特殊的可能性存在。本篇新聞相關連結：
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